Historia parafii
Nazwa Paprotnia (pierwotnie Paprotna) zapewne wywodzi się od nazwiska Paprockich herbu Cholewa, właścicieli wsi, którzy mieszkali w samej Paprotni oraz sąsiedniej miejscowości Podawce. Paprotnia była wówczas zamieszkana przez rodzinę Paprockich herbu Cholewa, która przybyła tu prawdopodobnie z zachodniego Mazowsza w XIV lub na pocz. XV w. Najstarsza informacja źródłowa o Paprotni pochodzi z dokumentu z 1429 r., w którym Jakub ze Skwierczyna nadaje łąkę istniejącemu już wtedy kościołowi. Plebanem był wtedy Piotr. Kolejna wzmianka pojawia się w 1446 r. W 1456 r. zostało potwierdzone przez Jakuba i Wita, dziedziców Paprotni, uposażenie parafii w grunty orne, łąki, pastwiska i lasy znajdujące się we wsiach Paprotnia, Podawce, Skwierczyn i Łozy. Tę datę uznaje się jako początek parafii w Paprotni. Pierwotnie Paprotnia należała do ziemi drohickiej, a od 1513 r. do nowo powstałego województwa podlaskiego ze stolicą w Drohiczynie.
W 1739 r. proboszcz paprocki, kanonik katedralny kamieniecki i dziekan łosicki, ks. Aleksander Zaleski, wydzierżawił na sześć lat Baltazarowi Ciecierskiemu, dziedzicowi Mordów i stolnikowi drohickiemu, targowisko oraz karczmę. W zamian za to Ciecierski miał w tym czasie odrestaurować stary kościół, bądź wybudować nowy drewniany. W 1749 r. rozpoczął on wznoszenie obecnej świątyni pw. św. Bartłomieja Ap., a dzieło kontynuował jego syn – Jakub Ciecierski, miecznik drohicki. Główne prace zakończono w 1750 r., a drobniejsze prowadzono jeszcze przez kilka lat za probostwa ks. Macieja Antoniego Kobylińskiego, jednocześnie proboszcza knychowskiego, dziekana łosickiego i kanonika brzeskiego. Kolatorami kościoła byli Paproccy i Ciecierscy. Nowy barokowy kościół usytuowany na niewielkim wzniesieniu na podmurówce, orientowany, na planie krzyża łacińskiego, z dwiema zakrystiami po bokach, prezbiterium i kruchtą od zachodu, został wybudowany na miejscu starego. Wokół niego znajdował się cmentarz parafialny, zlikwidowany w 1858 r. Wnętrze nakryte stropem miało drewniane podłogi. Znajdowały się tam trzy ołtarze. Nad wejściem głównym istniał drewniany chór. Trzynaście okien oświetlało kościół wewnątrz. Do świątyni prowadziło siedem wejść, z czego cztery były dwuskrzydłowe. Dach miał pokrycie gontowe. Nad skrzyżowaniem dachu i kaplic wznosiła się wieżyczka z sygnaturką, zwieńczona wielkim żelaznym krzyżem.
W 1876 r. w ramach represji za udzielanie posług religijnych unitom z sąsiedniej wsi Hołubla, których świątynię zamieniono wcześniej na cerkiew prawosławną, kościół w Paprotni został zamknięty przez rząd carski, a proboszcz paprocki, ks. Aleksander Sikorski, pod pretekstem problemów zdrowotnych, usunięty z urzędu. Od tego czasu świątynia niszczała, gdyż zabroniono ją także remontować. Wiernym wyznaczono sąsiednią parafię w Wyrozębach jako właściwą dla ich praktyk religijnych. W 1891 r. Paprotnię przyłączono do parafii wyrozębskiej. Ziemię kościelną przekazano tymczasem duchownemu prawosławnemu w Hołubli. Starania parafian o otwarcie kościoła w Paprotni u biskupa lubelskiego Franciszka Jaczewskiego, a nawet bezpośrednio u cara w Petersburgu nie dały rezultatu. Doskwierało spore oddalenie byłych parafian paprockich od kościoła w Wyrozębach, a także zbyt mała kubatura tamtejszej świątyni dla „połączonych” teraz parafii. Równocześnie w Paprotni potajemnie posługiwali księża z Siedlec. W tym celu pod prezbiterium kościoła wykopano korytarz, którym można było dostawać się do wnętrza pomimo zapieczętowanych drzwi. Do dziś z tyłu prezbiterium, w kamiennej podwalinie świątyni, istnieje niewielkie okno, którym wchodzono z zewnątrz. Natomiast w posadzce po prawej stronie prezbiterium, znajduje się wejście do tego podziemnego korytarza, o czym niewielu parafian już pamięta. W ramach wdzięczności za to, parafianie paproccy na początku XX w. ochotnie dostarczyli granitu pod budowę przyszłej katedry siedleckiej.
W 1905 r. w wyniku ogłoszenia przez cara ukazu tolerancyjnego, nastąpiły pewne swobody religijne. W 1906 r. delegacja parafian wyruszyła do Petersburga, aby osobiście prosić cara o wydanie zgody na otworzenie kościoła i przywrócenie parafii. Ostatecznie imperator pozwolił tylko na możliwość sprawowania nabożeństw w świątyni paprockiej, na co wystawił odpowiedni dokument, poświadczający jego wolę. W tym samym roku do Paprotni przybył jako administrator wikariusz wyrozębski, ks. Władysław Górski, którego pamiętają jeszcze najstarsi parafianie. Zamieszkał on w starej drewnianej plebanii. Od 1909 r. był jednocześnie proboszczem w Wyrozębach. Staraniem ks. Górskiego kościół zaczęto powoli remontować, bowiem zamknięta przez prawie 30 lat świątynia znacznie zniszczała zarówno z zewnątrz, jak i wewnątrz. Dotyczyło to też sprzętów kościelnych. Drewno dębowe na restaurację świątyni ofiarowali ze swoich lasów p. Żółkowski z Trębic Dolnych, Nasiłowski z Nasiłowa, Mężyński z Paprotni oraz Głuchowski z Hołubli. W ciągu dziewięciu miesięcy od jej otwarcia udało się dokonać kapitalnego remontu i częściowej przebudowy poprzez dostawienie nowej kruchty z chórem i wieżami. Wykonawcą prac był Władysław Wroński, który przekształcił pierwotną barokową budowlę na styl neogotycko-eklektyczny. Konsekracji kościoła dokonał 31. sierpnia 1906 r. biskup lubelski Franciszek Jaczewski. Jej wystrój wnętrza powstawał jeszcze przez kolejne lata (dekoracje ścian w postaci lizen i gzymsów, terakotowa posadzka, eklektyczny ołtarz główny i neobarokowe ołtarze boczne, a także ozdobione ornamentem neogotyckim: ambona, stalle kolatorskie w prezbiterium, konfesjonały oraz ławki dla wiernych). Ołtarze, stalle i inne elementy wyposażenia są dziełem tego samego rzeźbiarza, który wykonał podobne w katedrze siedleckiej. W 1913 r. ks. Górski zakupił drewniany dom oraz plac sąsiadujący z kościołem, aby zapobiec osiedlaniu się wokół świątyni drobnych handlarzy. Na tym miejscu wybudował budynki gospodarcze i organistówkę. Parafia w Paprotni została ponownie erygowana 6 lipca 1919 r. przez biskupa podlaskiego Henryka Przeździeckiego, a jej proboszczem został dotychczasowy zarządca, ks. Władysław Górski. Pełnił on ten urząd do 1942 r. Zmarł 15.08.1945 r. i pochowano go na miejscowym cmentarzu, a jego nowy pomnik nagrobny ufundowany przez parafian w 2014 r., zdobi stosowna tablica pamiątkowa.
W kolejnych latach przeprowadzano remonty kościoła, a największe prace miały miejsce w 1989 r. dzięki zaangażowaniu ówczesnego proboszcza, ks. kan. Stanisława Wojewódzkiego. Wówczas zastąpiono zniszczone elementy więźby dachowej, naprawiono pokrycie dachu, częściowo też wymieniono podwaliny i bierwiona ze ściany północnej oraz południowej, a także pomalowano świątynię na zewnątrz. W latach 1996-1998 staraniem ks. kan. Jerzego Grochowskiego odnowiono wnętrze kościoła, w tym malowidła na suficie, pozłocono ołtarze i wstawiono witraże w oknach. W 2011 r. za sprawą ks. dr Marka Szlanty świątynię pomalowano na pomarańczowy kolor. W 2014 r. ks. Andrzej Trebnio wraz z parafianami ufundował nowy neogotycki ołtarz posoborowy, którego konsekracji dokonał biskup pomocniczy siedlecki Piotr Sawczuk. W 2015 r. staraniem ks. Andrzeja Trebnio przeprowadzono kapitalny remont dachu, ścian bocznych oraz podwalin świątyni. Odrestaurowany gruntownie kościół poświęcił w święto św. Bartłomieja 24.08.2015 r. biskup siedlecki Kazimierz Gurda.
Podczas prac remontowych w styczniu 2015 r., po zdjęciu szalunku na ścianie prezbiterium, odkryto inskrypcję w języku łacińskim z datą 1769 oraz nazwiskiem ks. Macieja Antoniego Kobylińskiego, proboszcza paprockiego, dziekana łosickiego i kanonika brzeskiego, świadczącymi prawdopodobnie o tym, że podczas kongregacji dekanalnej w tymże roku, ks. Kobyliński poświęcił kryptę pod głównym ołtarzem, w której pochowano trzech kapłanów, zapewne wcześniejszych proboszczów parafii Paprotnia. Powyżej tego napisu znajduje się przedstawienie trzech czaszek, które wydaje się, że symbolizują miejsce rzeczonego pochówku. Z drugiej strony ściany widnieje niezidentyfikowany rysunek z dominującym kolorem czerwonym. Ponadto w górnej partii prezbiterium został ujawniony okrągły otwór okienny, który niegdyś, przed przebudową świątyni oświetlał wnętrze tej części kościoła. Te odkrycia w oparciu o przebadane źródła archiwalne (wizytacja kanoniczna z 1755 r.) potwierdzają i wzmacniają tezę, że kościół w Paprotni po jego otwarciu w 1906 r. został przebudowany, a nie zbudowany od nowa, gdyż na podstawie dokumentów archiwalnych wiadomo, że przez ten czas (od 1750 r.) nie zmieniła się jego zasadnicza struktura.
Po zakończonym remoncie kościół z powrotem okryto szalunkiem w kolorze stalowym, zachowując jednak odkryte miejsce z inskrypcją z 1769 r.
Relacja na ten temat została zamieszczona w portalu regionalnym Podlasie24, 27.03.2015 r:
Kościół parafialny ze względu na swe usytuowanie przy skrzyżowaniu dróg na mazowieckim szlaku turystycznym, w tym prowadzących do Korczewa i nad Bug, malownicze położenie oraz walory architektoniczne, jest miejscem często nawiedzanym przez polskich i zagranicznych turystów, zwłaszcza przez grupy rowerowe. Parafia w Paprotni znajduje się także na mazowieckim odcinku średniowiecznego pielgrzymkowego Szlaku św. Jakuba Apostoła (El Camino de Santiago), który prowadzi do Santiago de Compostela w Hiszpanii, gdzie spoczywają relikwie św. Jakuba.